Starobylý městys Toušeň leží na levém břehu Labe proti soutoku s Jizerou, na valu osídleném po pět tisíciletí. Archeologické nálezy zde dokládají mimo jiné kultury řivnáčskou, staroúnětickou a laténskou. Nejvzácnějším objevem je spirálovitá záušnice, nejstarší nález zlata ve Střední Evropě - z doby 3000 let před Kristem.
Obyvatelé valu střežili labský brod a později přívoz solné stezky, křižující zde obchodní cestu s kontakty se Středním Východem. Slovanské jméno tohoto hradiště z 9. - 10. století pak přešlo i na vodní hrádek s rozsáhlými zálabskými lesy a uchovalo si zvláštnost skloňování: z/do/u Toušeně.
Ve 13. století byla Toušeň součástí věnných statků českých královen, z nichž královna Jitka, manželka Václava II., je k roku 1293 uváděna v písemné souvislosti s toušeňským přívozem. Za Jana Lucemburského se celé zboží stalo lénem pánů z Michalovic. Roku 1338 Toušeň navštívil tehdejší markrabě Karel, pozdější král a císař Karel IV. Za pobytu na Toušeni sepsal rozsáhlou náboženskou uvahu, kterou později včlenil do vlastního životopisu v podobě jeho XI. - XIII kapitoly. Kolem roku 1356 Toušeň z léna vykoupil a listinou privilegií roku 1370 potvrdil její osvobození od daní pro svého bratra markraběte Jana a jeho rod. Od Janova syna markraběte Jošta koupili Toušeň zpět Michalovicové.
Za husitských válek byla Toušeň roku 1421 obléhána vojskem Jana Želivského a obsazena Pražany. Po roce 1468 získal toušeňské statky král Jiří z Poděbrad, jeho synové je však opět prodali. Počátkem 16. století koupil celé zboží pražský primátor Jan Pašek z Vratu, který zahájil renesanční přestavbu hrádku v zámek a hospodářství obohatil založením vinic, chmelnic a rybníků. Zemřel na Toušeni roku 1533. Po přikoupení městečka Toušeně s dvorem a polesím roku 1536 k sousedním majetkům Krajířů z Krajku, bylo celé nové panství i s lesy získáno roku 1547 císařem Ferdinandem I. pro Českou královskou komoru. Jejím nákladem byl toušeňský přechod přes Labe opatřen roku 1562 mostem a zámek upraven jako vedlejší rezidence k sídlu Rudolfa II. v Brandýse n/L.
Na přelomu let 1606-1607 v toušeňském zámku sídlil nejvyšší štolba a maršálek královského dvora v Čechách Adam mladší z Valdštejna. Toušeň byla v té době známa také jako zastávka dostavníků vratislavské pošty a od roku 1615 pošty slezské. Za třicetileté války vše přerušili a rozbořili Švédové: roku 1639 byly zničeny zámek, hospodářské budovy i most. Obec byla obnovena pouze jako dvůr s kamenolomem a rybářstvím. Teprve roku 1661 je doloženo stálé školní vyučování. Další, samostatný dvůr v Toušeni před koncem 17. století po obnově zakoupil Leopold Vilém hrabě z Valdštejna.
Na pozemcích za Labem byla roku 1777 vysazena nová obec Káraný, a roku 1787 v městečku Toušeni na místě osobně určeném císařem Josefem II. postavena zděná škola. V druhé půli 19. století vzrostla známost Toušeně díky Floriánské pouti, založené roku 1852. V roce 1868 zde byl založen cukrovar a téhož roku zde Jan Králík založil na železnatém prameni, známém od nepaměti, malé lázně. Mezi jejich prvními známými návštěvníky byl tehdy mladý básník Josef Svatopluk Machar.
Městys byl postupně obohacen o nový hřbitov (1879), železnici (1883), novogotický kostel sv. Floriana (1890), novou školu a poštu (1893). Po rozšíření o slatinné koupele (1899) přilákaly lázně četné významné návštěvníky, mj. posledního rakouského císaře Karla I., skladatele Leoše Janáčka, operní pěvce Emila Pollerta a Otakara Mařáka, herce a režiséra Karla Želenského a četné další hosty včetně bratří Josefa a Karla Čapkových.
Roku 1920 byla postavena sokolovna a zřízen biograf, 1939 otevřena mateřská školka. Od let 1943-44 se v Toušeni datují četné pobyty Emila Zátopka, který se zde později se svou manželkou Danou zasloužil o zaměření lázní také na vrcholové sportovce. Za léčebnými kúrami sem tak zajížděli Jarmila Kratochvílová, Helena Fibingerová, Ludvík Daněk a četní další.
Roku 1979 byl Toušeni přiznán statut lázeňského místa, 1991 uznán úřední název městyse Lázně Toušeň a 1993 udělen heraldický znak a prapor. Vlastní péčí byl roku 1994 dostavěn a otevřen Dům s pečovatelskou službou a zahájeno vysílání kabelové televize, 1996 zprovozněna čistička odpadních vod a 1998 zahájena plynofikace. Souběžně od roku 1994 vzniká v někdejším luhu pod Hradištkem rozsáhlé polabské jezero Malvíny. K nejvýznamnějším pacientům lázní se přiřadili léčebnými pobyty mj. operní pěvkyně Jarmila Novotná, spisovatelé Adolf Branald, Bohumil Hrabal a sportovci oštěpař Jan Železný, tenista Petr Korda a desetibojař Roman Šebrle.